Игорь Александрович Акулов родился 13 апреля 1897 года в селе Ново-Никитское Корчевского уезда Тверской губернии в семье русских крестьян. Родители его были православного исповедания. Вероятно, крещён он был в местной каменной Знаменской церкви, построенной в 1831 году. О детстве его сведений не сохранилось.
В 1918 году окончил реальное училище и устроился конторщиком на Николаевскую железную дорогу. Во время гражданской войны в России был мобилизован в Красную армию, где находился с июня 1919 по январь 1920 года. В начале 1920 года открыл мелочную лавку, но вскоре оставил торговлю и поступил послушником в Александро-Невскую лавру.
С марта 1920 года по август 1922 года учился в Петроградском богословском институте, действовавшем вместо упразднённой Санкт-Петербургской духовной академии. В Федоровском соборе на подворье Городецкого монастыря 2 июля 1921 года принял монашеский постриг с именем Епифаний, а 1 ноября того же года был рукоположен в сан иеромонаха. Проблемы с монашеской дисциплиной, возникшие вследствие обновленческого раскола, заставили молодого иеромонаха покинуть лавру.
Служил в церкви Сошествия Святого Духа. В марте 1923 года экзарх назначил его несменяемым викарием — заместителем настоятеля. После ликвидации прихода большевиками в июле 1923 года, тайно служил на квартире грекокатолической монахини Иустины, в миру Юлии Николаевны Данзас. В это время он также служил в церкви Святого Бонифация. Поддерживал тесные связи с другими священниками. Участвовал в планировании пасторской работы и в заседаниях богословского кружка.
23 ноября 1923 года был арестован. После арестов других священников и своих прихожан, во время которых его не было в Петрограде, он сам явился в милицию и заявил, что является грекокатолическим священником. Его обвинили в создании контрреволюционной организации, и 19 мая 1924 года приговорили к 10 годам тюремного заключения. Срок отбывал в Александровском политическом изоляторе под Иркутском. В 1927 году был досрочно освобождён и отправлен в ссылку в Назимовский район Восточно-Сибирского края. В мае 1933 года освобождён из ссылки с подорванным здоровьем.
Приехал в Москву к епископу Пию Эжену Невё, который направил его в Ленинград к апостольскому администратору Жану Амудрю. Служил в храмах на окраине города: с июля 1933 года в церкви Святейшего Сердца Иисуса, с января 1934 года в церкви Святого Казимира, с 1934 года в церквях Святого Алексея и Святого Франциска. По свидетельству современников, отец Епифаний (Акулов) был добросердечным человеком, хорошим проповедником, читал проповеди только на русском языке. В 1935 году он был снова кратковременно арестован.